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无缝克隆——让载体构建更简单

双酶切是载体构建的经典方法,但有一定的局限性,一方面该方法需要质粒载体、目的基因、限制性内切酶相互匹配后才能使用,另一方面该方法需经过PCR、酶切、纯化、连接、验证、转化等步骤,耗时较长,对多片段基因组装效果差,因此,简单快捷的无缝克隆技术应运而生。

无缝克隆技术原理

无缝克隆技术的原理是在目的基因两端添加载体的同源序列,通过同源重组的方式将目的基因连接至载体的特定位点中。目前主要有两种无缝克隆体系(Gibson Assembly和In-Fusion Cloning),两种体系都是通过外切酶产生黏性末端,之后在DNA聚合酶、连接酶的作用下获得重组载体,其中Gibson Assembly采用5’→3’核酸外切酶,In-Fusion Cloning采用3’→5’核酸外切酶。

在Gibson Assembly体系中,目的基因和线性化载体两端具有一段15bp左右的同源序列,在5’→3’核酸外切酶作用下,目的基因和载体DNA的5’端被逐渐降解,形成黏性末端,当降解的序列长度大于同源序列长度时,目的基因和载体DNA的3’端同源序列发生互补配对,形成一个在单链上有小缺失(gap)的环状载体,之后DNA聚合酶和dNTP修复gap,形成具有nick(断裂磷酸二酯键)的环状载体,并在DNA连接酶作用下形成磷酸二酯键,获得完整的重组载体。

上游同源臂互补配对示例

无缝克隆优势

  • 构建速度快:只需要一次反应(20-60min)即可获得重组克隆,省略酶切、电泳、纯化、酶连等过程;
  • 对酶切位点无要求,不经酶切的目的片段可以插入到任意载体的任意位点;
  • 连接过程中不会引入除目的基因和载体外的其他序列,实验结果更稳定;
  • 通过设计不同的同源序列区,只需要一个反应,就可以在载体中按照特定顺序同时连入多个片段,或在多载体、多目的基因的混合体系中同时获得所需的多个重组载体。
  • 已有多家公司推出无缝克隆试剂盒,可提高无缝克隆实验的成功率,降低实验周期。

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